Юрий Шутов родился в Северной столице в 1946 году. После окончания вуза трудился в «Главленинградстрое». В середине 80-х Шутов был уличен в поджоге одного из кабинетов Смольного, а кроме того — в крупных хищениях. Бывший чиновник получил пять лет тюремного заключения, но через некоторое время был реабилитирован.
В начале последнего десятилетия минувшего века Шутов стал помощником главы Ленсовета Анатолия Собчака, но вскоре был отстранен от должности за «неэффективность работы». С 1996 года Юрий Шутов занимал пост председателя городской и областной ПДК федерального парламента по анализу результатов приватизации.
После убийства замгубернатора города на Неве Михаила Маневича Шутов попал в число подозреваемых. Следователи также заявляли о его возможной причастности к другим убийствам коммерсантов. Зимой 1999 года Шутов был арестован.
В 2006 году экс-помощника Собчака приговорили к пожизненному заключению за участие в заказных убийствах, похищениях людей, покушениях на убийства и некоторых других преступлениях, совершенных в составе ОПГ. Сам Шутов не признавал своей вины в вышеперечисленных злодеяниях.